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A coleção de microrganismos foi estabelecida como uma coleção de serviços (CCT) em 1988. O acervo da CCT é composto por cerca de 7500 linhagens entre bactérias, fungos filamentosos e leveduras. Tornou-se uma coleção especializada em microrganismos não patogênicos ao homem, de interesse científico, industrial e ambiental incluindo:

linhagens tipo e linhagens de referência para sistemática e taxonomia microbiana;
microrganismo para controle, monitoramento e validação (testes de esterilização, eficiência de filtração, validação de autoclave, etc.);
microrganismos para testes industriais citados nas principais Normas Internacionais (testes de desinfetantes, biodeterioração, biocorrosão, challenge test, etc.);
linhagens de ensino para cursos de microbiologia;
microrganismos isolados de ambientes brasileiros provenientes de pesquisas;
microrganismos de processos industriais;
microrganismos contaminantes;
microrganismos com potencial biotecnológico.

A CCT também é voltada ao atendimento da demanda de análises e interesses dos setores industrial e acadêmico em temas de microbiologia industrial, controle de qualidade e microbiologia ambiental, de cunho não clínico.